전자본인서명확인서는 전국 읍면동사무소를 최초 1회만 방문해 신분증과 전자본인서명확인서 이용승인 신청서를 제출, 이용등록을 신청한 뒤 온라인 민원24를 통해 무료 발급받을 수 있다.

민원인은 공인인증서 암호, 사전 이용승인 신청 시 발급받은 비밀번호, 추가 인증수단을 활용해 온라인상에서 신분을 확인할 수 있다.
수요기관은 2015년 1월 1일까지 중앙행정기관 및 지방자치단체로 제한(등기소는 2017년 시행)돼 시행된다.

민원24시를 이용해 민원인이 발급한 전자본인서명확인서는 시스템 내에 저장돼 중앙행정기관 및 지자체 수요 부서에서 온라인 확인이 가능하다.
또 본인서명사실확인서와 유사하나 전자서명을 사용하기 때문에 서명 이미지가 없다는 것이 특징이다.